Après plusieurs mois de combats, le Macross arrive sur Mars. Détectant une base abandonnée à la surface de la planète, l'équipage du navire part à terre pour recueillir des fournitures indispensables. Quamzin Kravshera, un commandant brillant mais instable Zentradien, s'attaque au Macross. Pendant ce temps, Misa enquête sur un signal d'urgence à partir de la base.