Global informe Misa que le SDF-2, le successeur du Macross, est presque prêt à commencer à coloniser la galaxie - avec elle, comme capitaine de la mission. Maintenant que le moteur à réaction est intégrée dans son vaisseau, Quazmin, Laplamiz, et leurs sbires attaquent Macross City avec des missiles et des vagues de mecha. Le triangle amoureux Hikaru, Misa et Minmay a atteint son paroxysme, comme Hikaru doit décider s'il ira avec l'idole pop qui l'écarta et qui a maintenant désespérément besoin de lui, ou le commandant militaire qui l'aime profondément, mais qui peut le quitter à jamais par la ligne du devoir.