2 ans se sont écoulés après la bataille finale avec Boddole Zer. Le Macross est maintenant une relique du conflit connu sous le nom de Première Guerre Spatiale, et se trouve dans un grand lac stéril en Alaska. La Terre est encore un paysage désolé, et les petites villes et les forêts sont situées autour de Macross City. Les flottes alliées Zentradi, ainsi que les citoyens de la Macross, maintiennent une paix nerveuse. Les travaux de reconstruction de la Terre par les deux parties sont en plein essor. Hikaru revient sur les moments passés avec Roy Focker pour obtenir des conseils sur ce que font ses sentiments à la fois pour Misa et Minmay.