Le pilote et cascadeur Hikaru Ichijo ainsi que son «senpai» le Major Roy Focker tentent une mission de sauvetage audacieuse alors que l'île d'Atalie du Sud est envahie et bombardée par les forces Zentradi. Hikaru a sa première rencontre avec Lynn Minmay, une jeune serveuse. Pendant ce temps, le capitaine Bruno J. Global, le lieutenant Misa Hayase, l'opératrice de pont Claudia LaSalle et l'équipage du Macross tentent de lancer le vaisseau pour la première fois.