Rin et Saber commencent à s'inquiéter de la disparition de Shirou. Cette dernière se rend à l'église de Kotomine, un lieu qui ne lui a jamais inspiré confiance. Sur place, elle découvre que Lancer est le Servant de Kirei, celui-ci ayant déjà participé à la précédente guerre, il y a dix ans. C'est à cette époque qu'il conclut un pacte avec Gilgamesh qui, depuis, le suit et l'aide dans sa tâche...