Le bus conduit par Shido arrive à la propriété. La rencontre entre Shido et Rei aurait pu mal finir, mais le professeur est chassé par le père de Saya. A l'autre bout du monde, les régimes politiques dépassés par les événements décident de lancer l'offensive nucléaire sur les territoires contaminés. La défense militaire réussit à faire exploser presque tous les missiles en haute atmosphère.