Lenka Utsugi est une nouvelle recrue ayant rejoint les rangs de la dernière forteresse humaine existante : Fenrir. C'est ici qu'il pourra réaliser son rêve de devenir un God Eater pour détruire les ennemis à qui il voue une haine féroce, les Aragami. Mais tout ne se passe pas comme il le souhaite puisque lui et son camarade Kota Fujiki doivent ronger leur frein et participer à de lourds entraînements avant de pouvoir espérer rejoindre le champ de bataille. L'attaque d'Aragami sur des quartiers résidentiels sans défenses va totalement changer la donne...