Il y a environ mille ans, la Terre était condamnée. Une mystérieuse personne reproduisit et recréa tout ce qui existait sur Terre avec d’innombrables engins avant ce jour final, ce qui permit finalement aux êtres humains de survivre. Un jour, une boîte tomba soudainement dans l’appartement de Naoto Miura, un garçon qui possède un certain talent concernant les mécanismes. Dans la boîte, il y avait un automate féminin nommé RyûZU. Leur rencontre amorce le mouvement des roues de la destinée…