Jo se réveille à bord d'un navire de guerre, qui rappelle celui sur lequel eu lieu l'affrontement final entre tous les enfants transgéniques. C'est là qu'elle va devoir affronter Mario et sauver Meg. Mais avant cela, échapper aux pièges tendus par l'intelligence du vaisseau. A Tokyo, une loi martiale ultra-répressive a été instaurée...