Après un an passé en Amérique, Kurisu est de retour à Akihabara. Elle et Okabe se retrouvent enfin. Malheureusement, peu après leurs retrouvailles, Okabe commence à voir des images des autres lignes d’univers et finit par disparaître. Tiraillée entre son âme de scientifique et ses sentiments, Kurisu doit faire le choix entre ne pas remonter dans le temps comme celui-ci le lui a demandé, ou tenter de le sauver malgré les conséquences que cela pourra entraîner sur le monde.