Batman est envoyé dans le passé, quittant les États-Unis contemporains pour le Japon féodal, et doit combattre le Joker. Mais les deux antagonistes ne sont pas seuls puisque Robin, Nightwing, Red Hood, ou encore Catwoman rejoignent le Chevalier Noir, tandis que le Pingouin, Harley Quinn, et Double-Face semblent s’allier au Joker.